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Transcriptome and QTL analyses reveal candidate genes for fiber quality in Upland cotton
棉花 纤维发育 QTL 转录组 表达基因
2024/5/17
本研究基于前期得到的1个F2群体、1个重组自交系群体和2个永久回交群体得到了15个在多群体或者多年分稳定检测的QTL位点。基于转录组测序，在两亲本间发育10天的纤维进行差异基因鉴定，得到了780个差异基因。通过对QTL和转录组结果联合分析，在9个QTL区间内得到31个基因，其中有9个在纤维中优异表达的基因。在这9个基因中，有7个基因在纤维伸长期高量表达，2个基因在纤维次生壁加厚期高量表达。该研究为...
EMBRYONIC FLOWER2B, coming from a stable QTL, represses the floral transition in cotton
棉花 开花机理 EMF2基因
2024/5/17
花是植物重要的器官,受到多种花发育因子的调控。了解和掌握棉花的开花机理，对育种家选育合适生育期的材料，乃至对实现分子精确设计育种的目标都是至关重要的。EMBRYONIC FLOWER 2(EMF2)是多梳家族Polycomb Repressive Complex 2（PRC2）组成的亚基之一，对花器官属性建立过程中起调控作用。通过全基因组关联分析我们定位到开花相关的QTL（q FT-D3-3和qF...
Detection of candidate genes and development of KASP markers for Verticillium wilt resistance by combining genome wide association study, QTL seq and transcriptome sequencing in cotton
棉花 抗黄萎病性状 关联群体 遗传分离群体
2024/4/16
构建了棉花抗黄萎病性状的关联群体和遗传分离群体，联合利用全基因组关联分析(GWAS)、QTL- Seq和转录组测序开展了棉花抗黄萎病基因发掘与KASP标记开发研究,获得了5个主效抗黄萎病QTL的候选基因区间，开发出10个可以用于陆地棉抗病性标记辅助选择育种的KASP标记，同时鉴定出8个抗黄萎病候选基因，这些基因主要参与植物基础免疫反应及广谱抗病性，推测基础免疫反应相关基因在抗、感品种间的gDNA&...
QTL Mapping for Leaf Area of Tea Plants (Camellia sinensis) Based on a High-Quality Genetic Map Constructed by Whole Genome Resequencing
遗传图谱 茶树 QTL 叶面积
2023/4/20
High-quality genetic maps play important roles in QTL mapping and molecular markerassisted breeding. Tea leaves are not only important vegetative organs but are also theorgan for harvest with importan...
The Candidate Genes Underlying a Stably Expressed QTL for Low Temperature Germinability in Rice (Oryza sativa L.)
Rice Low temperature germinability Quantitative trait locus Candidate gene Genomewide association study
2023/4/21
Background: Direct seeding is an efficient cultivation technique in rice. However, poor low temperature germinability (LTG) of modern rice cultivars limits its application. Identifying the genes assoc...
为揭示栽培种花生含油量遗传机制，以高产抗逆品种花育36号和高油品系6-13为亲本，构建了181个重组自交系（RIL，Recombinant inbred line），以F2：7-F2：8重组自交系为试验材料，测定在3个环境下（E1、E2、E3）的籽仁含油量，进行QTL定位和上位效应分析。结果表明，群体含油量存在超亲遗传，且符合正态分布，广义遗传率为0.55。基于复合区间作图模型共检测到5个QTL，...
甘蓝型油菜耐盐和耐旱相关性状的QTL分析
甘蓝型油菜 耐盐性 耐旱性 数量性状位点
2021/1/28
盐胁迫和干旱胁迫是非生物胁迫中影响作物产量的重要因素, 检测与耐盐和耐旱相关的QTL, 可为抗逆油菜品种的选育提供理论依据。本研究利用德国冬性甘蓝型油菜Express和中国半冬性甘蓝型油菜SWU07为亲本构建的包含261个株系的双单倍体(doubled haploid, DH)群体, 分别以1.2% NaCl溶液和20% PEG-6000溶液作为培养液模拟盐胁迫和干旱胁迫, 去离子水为对照, 对2...
粒型、株高及穗部组成性状与产量形成密切相关, 是水稻重要农艺性状, 但遗传基础复杂。染色体片段代换系是用于复杂性状遗传研究的良好材料。本研究鉴定了一个以日本晴为受体、西恢18为供体亲本的水稻优良染色体片段代换系Z746。Z746携带来自西恢18的7个代换片段, 平均代换长度为3.99 Mb, 其株高、粒长和穗部性状均与受体存在显著差异。进一步通过日本晴与Z746杂交构建的次级F2群体共检测到36个...
利用重组自交系定位水稻种子低氧发芽力QTL
直播稻 重组自交系 低氧发芽 QTL定位
2021/4/1
鉴定低氧发芽力强的水稻资源，进而挖掘控制低氧发芽的QTL，可以为改良直播稻低氧发芽能力提供材料基础和基因资源。在装满无菌水的10 cm高的离心管中鉴定了云南省籼稻地方品种扎西玛、江苏省优良食味粳稻品种南粳46及包含135个家系的扎西玛/南粳46 RIL群体的低氧发芽力。以28℃黑暗培养7 d的胚芽鞘长度作为低氧发芽力的评价标准。结果表明：在淹水7 d后，扎西玛和南粳46胚芽鞘长度分别为2.92，6...
谷子萌芽期抗旱相关QTL定位研究
谷子 萌芽期 抗旱性 QTL
2021/4/1
为解析谷子抗旱遗传基础和指导抗旱育种，进行谷子萌芽期抗旱基因定位，以山西2010和K359×M4-1为亲本构建的F2群体为研究对象，结合利用2b-RAD测序技术构建的遗传连锁图谱对谷子萌芽期抗旱性QTL进行定位。谷子萌芽期抗旱性为多基因控制的数量性状。经两亲本及F2群体简化基因组测序，构建了包含583个SNP标记的连锁图谱。该图覆盖谷子基因组9条染色体，各染色体标记数平均64.8，标记间平均间隔为...
莲子产量相关性状的QTL定位
莲 莲子 产量性状 QTL定位
2020/9/14
以中国长江流域圆柱形莲子资源‘中间湖野莲’为母本，泰国圆球形莲子资源‘清迈野莲’为父本，构建了含86个单株的F2遗传群体。2017和2018年对亲本及群体黑子期莲子长、莲子宽、单粒质量、开花数、心皮数、饱粒数等6个莲子产量相关性状进行了表型鉴定，利用197个SSR标记对亲本及F2单株进行基因分型，结合表型和基因型数据对相关性状进行了QTL定位和分析。结果表明：莲子产量相关性状在F2群体中均呈近正态...
株高是影响大豆单株产量的重要性状，明确调控大豆株高的主效基因对利用分子辅助育种手段提高大豆产量具有重要意义。选用株高差异显著的东农594（高秆）为父本，Charleston（矮秆）为母本，杂交构建F2群体和RIL群体，然后选取F2群体的1 500个单株中极高和极矮单株各40株和RIL群体的高矮秆单株各20株，分别建立2套高矮秆池；进而利用二代DNA测序技术对亲本进行50×测序，高矮秆池进行20×测...
粒形及千粒重是水稻产量的重要影响因素, 通过挖掘这些性状的优异基因, 对水稻超高产育种具有重要意义。本研究利用1套以籼稻恢复系昌恢121为背景亲本, 粳稻越光为供体亲本构建的染色体片段代换系为材料, 在3个环境下对水稻粒形及千粒重进行QTL检测及稳定性分析, 共检测到59个QTL, 分布于1号、2号、3号、4号、5号、6号、7号、10号、11号和12号染色体上, 贡献率为0.77%~36.26%,...
棉花陆海回交自交系群体叶绿素含量性状QTL定位
数量性状 叶绿素含量 棉花 QTL定位
2020/10/19
【目的】对棉花叶片叶绿素含量数量性状位点（Quantitative trait loci, QTL）进行定位。【方法】以中36为轮回亲本与海7124配制的195个BC1F7家系为研究材料。根据本课题已构建的高密度遗传图谱，利用QTL IciMapping 4.1中的BIP（QTL mapping in bi-parental populations）和MET（QTL mapping for mul...