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中国科学院植物研究所科研人员在植物转座子进化方面取得新进展（图）
植物 转座子 进化 基因组 The Plant Cell 遗传
2024/1/28
中国科学院植物研究所郭亚龙研究组利用1115个全球广布的拟南芥自然品系，发现了拟南芥东西向扩张过程中发生了转座子负荷的累积，尤其是向东扩张的过程，在最东边的长江群体累积了最高的转座子负荷。研究表明，转座子的累积与扩散距离正相关，与遗传多样性负相关。有效群体大小能够解释转座子负荷变异的62%，高转座速率和自然选择也是近期扩张群体转座子负荷增加的重要原因。通过对转座的两个阶段（转录和转座，即转座子家族...
近日，南方科技大学生命科学学院副教授吴柘课题组和助理教授戴紫薇课题组合作在国际知名学术期刊Genome Biology发表了题为“Coupling of co-transcriptional splicing and 3’ end Pol II pausing during termination in Arabidopsis”的研究论文，通过实验结合数学建模，系统探究了模式植物拟南芥RNA Po...
中国科学院昆明植物研究所在横断山区红豆杉属物种形成研究中取得新进展（图）
中国科学院 昆明植物所 横断山区 红豆杉属 物种形成 演化 Molecular Phylogenetics and Evolution
2023/10/28
山地孕育了多样的生境，进而刻画了物种复杂的演化历史。在地质历史和古气候的变迁中，由于物种分布区变迁导致的二次接触通常诱发种间杂交或叶绿体捕获，进而导致物种基因树的核质冲突。前期研究表明，横断山区异域分布的四种红豆杉存在核质冲突现象，推断高山红豆杉（Taxus florinii）和峨眉红豆杉（Emei type）是喜马拉雅红豆杉（T. wallichiana）和红豆杉（T. chinensis）之间...
中国科学院植物研究所芍药科多样性与种质创新研究团队以西北牡丹‘书生捧墨’为研究材料，通过色素分析、比较转录组、转录调控和表观遗传调控等研究，全面探究了西北牡丹色斑形成的分子机制。研究发现，花青素苷仅在‘书生捧墨’花瓣的斑内积累，而黄酮苷主要在斑外积累，是造成花瓣斑内外差异呈色的原因；类黄酮代谢途径上的酶基因PrF3H、PrDFR、PrANS在斑内特异高表达而在斑外沉默，是决定色素差异合成的关键酶基...
中国科学院植物研究所金效华研究组利用三代PacBio和二代Illumina测序平台，以及10X Genomics测序技术，组装了寄生花的参考基因组，同时结合不同组织的转录组数据，研究了寄生花的基因组特征，特殊的生活方式和花发育的分子机制。寄生花的基因组大小约1.92Gb，注释得到13,670个蛋白质编码基因。与前人研究结果类似，寄生花核基因组确实丢失了大量与光合作用，器官形态建成和防御反应相关的基...
科学家发现植物用来控制“嘴巴”的机制
植物 控制“嘴巴” 植物遗传学
2024/1/23
大气中二氧化碳（CO2）浓度上升会导致植物气孔关闭，从而严重影响蒸腾失水、光合作用和植物生长。但目前为止，仍然不清楚植物如何感知环境中CO2浓度的变化，而发出气孔打开和关闭的信号。近期，美国、爱沙尼亚和芬兰的科学家发现了一种植物用来指导自身“呼吸”CO2的分子途径。研究成果发表在《Science Advances》期刊，标题为“Stomatal CO2/bicarbonate sensor con...
象腿蕉(Ensete glaucum)是芭蕉科中耐寒的蕉类植物，原产于中国云南和东南亚地区，具有重要的观赏、饲用和药用价值。华南植物园海外知名学者John Seymour Heslop Harrison教授领导的研究团队，采用单分子纳米孔、Illumina测序策略，结合染色体构像捕获技术，发表了首个象腿蕉染色体级别的基因组序列，长度为481.5 Mbp，完整性较高(BUSCO 98.3%)，注释获...
基因组的大小与物种进化之间的关系一直以来都受到学者的广泛关注。基因组作为遗传信息的载体, 其大小也不可避免地逐步增加。已有的研究显示基因组的大小同物种的进化程度之间存在一定的正相关关系。从大尺度的分类水平来看，基因组大小和物种复杂程度在总的趋势上呈正相关性。然而随着研究的深入，人们发现基因组的大小和物种的进化复杂度之间没有严格的对应关系，这就是所谓的“C值悖论”。这使人们对“基因组越大，生物进化越...
南方科技大学生命科学学院翟继先课题组应用纳米孔单分子测序揭示拟南芥全基因组转录终止图谱（图）
南方科技大学生命科学学院 翟继先课题组 纳米孔单分子RNA测序 拟南芥 转录终止图谱 全基因组 Genome Biology
2022/10/20
近日，南方科技大学生命科学学院副教授翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。相关成果以“Landscape of transcription termination in Arabidopsis revealed by single-molecule nascent RNA sequencing”为题发表在国际知名学术期刊Genome Biology上。