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QTL mapping for production traits in Czech Fleckvieh cattle
chromosomes markers quantitative trait loci milk traits cattle REML
2015/6/24
The objective of this study was to find QTL for milk production traits in Czech Fleckvieh cattle on chromosomes 6, 7, 11, 14, and 23 where QTL were previously identified in other dairy cattle populati...
本研究利用MTDFREML对QTL-MAS2011公共数据集的模拟性状进行方差组分估计，遗传力估计约为0.29。主成分分析显示，群体内不存在显著的群体分层现象，然后用2种模型进行全基因组关联分析研究。利用GAPIT程序包中的混合线性模型对QTL-MAS2011公共数据进行全基因组关联分析，共得到10个显著的单核苷酸（SNP）位点（P<0.05）,其中，4个显著的SNPs在1号染色体上，4个显著的S...
本研究旨在精细定位公猪7号染色体（SSC7）影响附睾重和血浆睾酮浓度的数量性状位点（QTL），鉴别影响公猪繁殖性状的位置候选基因。以205头白色杜洛克×二花脸资源家系F2公猪群体为研究材料，在初步定位的QTL区间内增加14个SNPs对该群体进行扫描以精细定位QTL。在精细定位QTL区间内筛选雄性增强抗原1（MEA1）为位置候选基因，采用标准关联分析和F-drop检验分析该基因的多态位点与公猪繁殖性...
半同胞群体QTL区间定位的通用SAS程序
家畜 分离群体 半同胞设计 父系半同胞
2016/12/20
在家畜中普遍存在的是分离群体，在数量性状基因定位方面，由于分离群体在各个家系内标记之间及标记与QTL之间的连锁状态是不同，同一位点可能存在着多个等位基因，且只有部分个体提供信息[1]，因而在分离群体中进行QTL定位时，其资源群体要以家系为单位，估计的参数也是以QTL方差组分为主。半同胞设计是家畜QTL分析的常用方法，设计中以父系半同胞为资源群体，利用父系及其半同胞后代的标记信息和表型信息进行QTL...
比值性状QTL的一种贝叶斯定位策略
比值性状 数量性状位点（QTL） 贝叶斯压缩估计 Monte-Carlo 模拟
2013/12/6
本研究旨在对比值性状QTL采用贝叶斯定位方法进行探讨。将两个具有正态分布的普通数量性状之比定义为比值性状。 由于此类性状不服从正态分布， 因此在遗传分析上不同于普通性状。利用构成比值性状的两个组分性状的线性结合，我们提出了定位比值性状数量性状位点(QTL)的最大似然法。在此基础上,进一步探索比值性状的贝叶斯定位策略。首先采用贝叶斯压缩方法估计两个组分性状的QTL参数，然后利用两个组分性状的群体均值...
采用全基因组扫描法定位影响猪后腿质量QTL
猪 后腿质量 数量性状位点
2009/11/4
为研究影响猪后腿质量的QTL，采用分布于猪全基因组19对染色体上的183个微卫星标记，对白色杜洛克（♂）×二花脸（♀）资源家系群体1 028头F2代个体及其亲本进行基因型检测，利用最小二乘线性回归分析，通过置换试验确定显著性域值，对影响猪后腿质量的数量性状位点（QTL）进行了定位分析。共检测到10个QTL位点，其中在猪2、4、7、8、18号染色体上检测到5个1%基因组显著水平的QTLs，在5和7号...
在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中定位猪四肢骨骨骼长度和直径QTL
四肢骨骼 全基因组扫描 QTL定位 猪
2009/8/31
【目的】通过全基因组扫描，鉴别影响猪四肢骨骨骼长度，股骨和肱骨的骨髓腔长度、骨髓腔直径以及股骨骨壁厚度的数量性状位点（QTL）。【方法】在白色杜洛克×二花脸资源群体中测定132头240日龄阉割公猪29类四肢骨骨骼的长度、6类四肢骨骨骼直径以及股骨和肱骨骨壁厚度、骨髓腔长度和骨髓腔直径等表型性状。选择多态信息含量丰富并覆盖猪全基因组19条染色体的183个微卫星标记，采用最小二乘区间定位法进行猪全基因...
Genetic Mapping of the QTL Affecting Abdominal Fat Deposition in Chickens
chicken QTL microsatellite marker abdominal fat
2009/8/3
To identify the quantitative trait loci (QTL) affecting abdominal fat deposition in chickens, we carried out QTL analysis on this trait using a resource population of 222 F2 progeny from a cross betwe...
利用白色杜洛克×二花脸资源家系定位影响猪肉硬实度的QTL
数量性状基因座 肌肉硬实度 猪
2013/12/9
为定位影响猪背最长肌和半膜肌硬实度的数量性状基因座（QTL），本研究测定了白色杜洛克×二花脸资源家系中490头F2代猪的背最长肌和半膜肌硬实度，检测了3代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型，并据此进行了QTL定位分析。共检测到9个QTLs，包括影响背最长肌硬实度的4个QTLs，分别位于SSC1、SSC2、SSC7和SSC10，其中SSC1和SSC7 的QTLs达到1%基因组显著水平；影响半...
猪4、8和13染色体上肉质性状的QTL定位
猪 数量性状位点(QTL) 肉质性状
2008/4/7
214头猪（180头F2个体）组成的资源家系中，在猪的第4、8和13染色体上共选取23个微卫星标记，对11种肉质性状做了QTL定位，这些肉质性状包括：背最长肌肌内脂肪率(IMF) 、背最长肌含水量(WM) 、背最长肌系水力(WHC)、背最长肌失水率(DLR)、背最长肌pH (pH1)、 股二头肌pH (pH2)、 头半棘肌pH (pH3)、背最长肌肉色值(MCV1)、 股二头肌色值(MCV2)、 ...
猪肌肉蛋白质含量的QTL分析
蛋白质 QTLs 肉质 猪
2008/2/7
摘要用梅山猪与大白猪构建的资源家系检测影响肌肉蛋白质含量的数量性状座位(QTL).测定135头F2代个体及其相应父母和祖父母分布在1号、2号和6号染色体上的24个微卫星基因型.用这些微卫星标记计算每个F2代个体固定位置的加性和显性系数,以1cM的间距将肌肉蛋白质含量与这些系数进行回归分析,发现3个与肌肉蛋白质含量具有显著效应的QTL(P＜0.05),它们分别位于1号染色体的Sw1332和Sw213...
摘要市场生猪价格的决定因素之一是背膘厚度.因此,对养猪行业来说,确认影响这一性状的基因组区域就显得非常必要.1998年,由大白和梅山猪杂交繁殖的资源家系,随机选留81头F2,全部屠宰.用48个微卫星标记进行1～4,6～7号染色体(SSC)的扫描.用线性模型最小二乘法对胴体脂肪性状进行区间作图.除SSC2外,其余5条染色体共有14个QTL影响脂肪沉积,其中SSC7上4个QTL有印记效应存在.平均背膘...
摘要以大白猪和梅山猪为父母本建立F~2|资源家系,在2000年,随机选留66头F~2|代个体,获得出生重、60日龄体重、出生至60日龄平均日增重及60日龄至屠宰前平均日增重的表型数据。结合48个微卫星标记构建的猪1、2、3、4、6和7号染色体遗传连锁图谱,用线性模型最小二乘法对各数量性状进行QTL区间作图,利用置换法(permutation)确定显著性阈值。研究发现,猪4号染色体上有一个染色体水平...
摘要用混合模型方法,分析了一个复杂家猪家系13号染色体上微卫星座位与数量
性状间的相关性,结果发现,该家系猪13号染色体上存在一个显著影响屠宰重和日均屠宰重的QTL。区间定位将该QTL定位到SW1898-SW398标记内,相对位置估计为ρ=0.52±0.36,在遗传连锁图上的平均位置为75.19cM。该QTL对于屠宰重的加性和显性效应分别为1.31±0.55kg和1.95±0.80kg,对于日均...