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Transcriptome and QTL analyses reveal candidate genes for fiber quality in Upland cotton
棉花 纤维发育 QTL 转录组 表达基因
2024/5/17
本研究基于前期得到的1个F2群体、1个重组自交系群体和2个永久回交群体得到了15个在多群体或者多年分稳定检测的QTL位点。基于转录组测序，在两亲本间发育10天的纤维进行差异基因鉴定，得到了780个差异基因。通过对QTL和转录组结果联合分析，在9个QTL区间内得到31个基因，其中有9个在纤维中优异表达的基因。在这9个基因中，有7个基因在纤维伸长期高量表达，2个基因在纤维次生壁加厚期高量表达。该研究为...
Genomic analyses reveal the genetic basis of early maturity and identification of loci and candidate genes in upland cotton (Gossypium hirsutum L.)
陆地棉 全基因组 重测序方法 SNP变异图谱
2024/5/17
本研究利用收集的436份国内外变异广泛的陆地棉材料，采用全基因组重测序方法，构建了群体的SNP变异图谱，通过对包含136份早熟棉资源在内的356份陆地棉材料进行深度重测序，并结合公共数据库中的80份陆地棉材料共获得了10,118,884个高质量的SNPs。利用全基因组关联分析（GWAS）鉴定到控制陆地棉早熟性的307个显著遗传位点和重要调控基因。两个早熟遗传热点区域位于 D03和A05&...
Extensive intraspecific gene order and gene structural variations in upland cotton cultivars
陆地棉 全基因组 比较分析遗传变异
2024/4/16
棉花是重要的工业原材料和天然纤维材料，相比于其他作物，陆地棉的遗传多样性极低，解析其形成原因，对棉花的遗传改良具有重要意义。研究人员通过对两种不同基因型的陆地棉进行全基因组比较分析，发现A08染色体上存在着大片段的遗传变异。该倒位能够将已发表的陆地棉核心种质资源材料分为两类，与利用SNP基因型重构的进化树的分类和主成分分析结果高度一致，表明陆地棉种内可能产生了分化。利用人工创制的群体和陆地棉核心种...